גורמים במערכת הביטחון מסרו כי הפערים בין זיני לבין סגנו, מצד אחד, ובין בכירי השב"כ, מצד שני, הגיעו לכדי קרע של ממש. עוד צוין כי כמה מתפקידי המפתח בשירות, בכלל זה ראש אגף עזה, מאוישים כבר זמן רב על ידי ממלאי מקום זמניים ללא מינוי קבוע.
בשבוע שעבר דווח ב"הארץ" על פי מקורות במערכת הביטחון כי משבר אמון של ממש התגלע בין זיני ובין בכירים בשירות, לרבות ראשי החטיבות והאגפים. לפי המקורות, הרקע למשבר הוא מה שבארגון נחשב לחוסר הבנה של זיני בנושאים המקצועיים, לצד הגישה שהוא מפגין, שלדבריהם גורמת ליחסי עבודה עכורים. יחסים אלו, לפי המקורות, נובעים מנטייתו של זיני להשתיק את מי שדעתו אינה מוצאת חן בעיניו, ומסירובו המתמשך לשמוע עמדות אחרות בדיונים.
משיחות עם המקורות עלתה תמונה, ולפיה המשבר כה עמוק עד שאפשר להצביע על קרע של ממש בתוך שב"כ, כזה שגרם להיווצרותם של שני מחנות מרכזיים: האחד של זיני וסגנו, נ', והשני של ראשי החטיבות והאגפים. "המחנות אינם פועלים אחד נגד השני, זה לא שם, אבל יחסי האמון הם כאלה שזיני סומך רק על נ'", הסביר מקור במערכת הביטחון.